ARAŞTIRMA | |
1. | Türkiye’de mikrobiyoloji laboratuvarlarının kültür ve antibiyotik duyarlılık testi performans değerlendirmesi ve Ulusal Antimikrobiyal Direnç Sürveyans Sistemine veri sağlayacak laboratuvarların seçimi: Anket uygulaması Performance evaluation of the microbiology laboratories in Turkey for culture and antibiotic susceptibility tests and the selection of laboratories to provide data for National Antimicrobial Resistance Surveillance System: Questionnary application Ayşegül Gözalan, Nilay Çöplü, Dilber Aktaş, Hüsniye Şimşek, Gül Bahar Erdem, İpek Mumcuoğludoi: 10.5505/TurkHijyen.2015.30306 Sayfalar 175 - 182 GİRİŞ ve AMAÇ: Antimikrobial direnç sorununun artmakta olması nedeniyle ülkemizde Ulusal Antimikrobiyal Direnç Sürveyans Sistemi (UAMDSS) kurulma çalışmaları başlatılmıştır. UAMDDS’ye dahil olacak laboratuvarların sisteme güvenilir veri sağlayabilmesi önemlidir. Bu amaçla ülkedeki mikrobiyoloji laboratuvarlarının kültür ve antibiyotik duyarlılık testleri (ADT) yapabilme kapasitelerini değerlendiren bir anket uygulaması yapılmıştır. YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışma 2009-2010 yılları arasında yapılmış olup mikrobiyoloji laboratuvarlarının kültür ve ADT yapabilme kapasitelerine odaklanan 90 soru içermektedir. Anket formları T.C. Sağlık Bakanlığı tarafından mikrobiyoloji uzmanı bulunduğu bilgisine ulaşılan kamuya bağlı 354 hastanenin tıbbi mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilmiştir. Sonuçlar SPSS 18,0 istatistik programı kullanılarak değerlendirilmiştir. BULGULAR: Ankete %70,5’i devlet hastanesi, %16,5’i eğitim ve araştırma hastanesi ve %13’ü üniversite hastanesi olmak üzere 322 laboratuvar cevap vermiştir. Birinci basamak sisteme dahil olma kriterleri olan; mikrobiyoloji uzmanı bulunması (%99,1), bakteriyoloji bölümü olması (%97,5) ve kan kültürü çalışılması (%83,6) sorularının her üçüne de evet cevabı veren 259 (%80,4) laboratuvar ileri değerlendirmeye alınmıştır. İkinci aşama olan skor çalışmasında kullanılan sorular ve bu sorulara verilen cevap yüzdeleri şöyledir: i) Escherichia coli (ortalama: 74,7), Klebsiella spp. (ortalama: 22,9), Staphylococcus aureus (ortalama: 19,6), Pseudomonas aeruginosa (ortalama: 19,5), Enterococcus spp. (ortalama: 16,1) ve Streptococcus pneumoniae (ortalama: 3,7), için uygulanan aylık ADT sayısının ortalama değerlerinin üzerinde olması, ii) klinik olarak anlamlı kabul edilen mikroorganizmalara veya izole edilen hastada klinik olarak önemli kabul edilen mikroorganizmalara kan izolatları için sırasıyla %49,2 ve %30,2; BOS izolatları için sırasıyla %88,7 ve %75,5 ADT uygulaması, iii) ADT için standart uygulama prosedürünün olması (%81,6), iv) iç kalite kontrol sonuçlarının gözden geçiriliyor olması (%82,2), v) ADT için standart yöntemlerden herhangi birinin kullanılıyor olması (%95,8), vi) ADT sonuçlarının yorumu için standart rehber kullanılması (%94,2) vii) sonuçların tutarlılığının değerlendirilmesi (%96,9) şeklindedir. 259 laboratuvardan 173’ü skor belirleme sorularının tümüne cevap vermiş olup, bu laboratuvarların skor değerleri 4-7; 8-11 ve 12-15 olacak şekilde gruplandırılmıştır. Laboratuvarlardan 43/173 (%24,8)’ünün 12-15 skor grubuna dahil olduğu görülmüştür. Üniversite hastaneleri ve eğitim ve araştırma hastanelerinin büyük bir kısmı 12-15 arası skor puanı alırken (sırasıyla %64,9 ve %53,3’ü), devlet hastanelerinin büyük bir bölümünün 4-7 (%50) ve 8-11 (%47,2) arası skor puanı aldığı belirlenmiştir. TARTIŞMA ve SONUÇ: UAMDSS için katılımcı laboratuvar belirlerken; skor değerinin yüksek olması, Türkiye İstatistikî Bölge Birimleri Sınıflandırması’na göre belirlenen 12 bölgeye olabildiğince eşit dağılması ve üniversite, eğitim araştırma ve devlet hastanelerini içerecek şekilde olması dikkate alınmıştır. Buna göre UAMDSS’ye güvenilir veri sağlayabilecek katılımcı 78 laboratuvar seçilmiştir. INTRODUCTION: Due to the increase in of the antimicrobial resistance problem, in our country, the studies to establish National Antimicrobial Resistance Surveillance System (NAMRSS) was started. It is important to provide reliable data for the laboratories those will be included in NAMRSS. For this purpose, a questionnaire was applied to evaluate the culture and antimicrobial susceptibility tests performance capacities (AST) of the laboratories in the country. METHODS: This study was done between 2009 and 2010 years, and included 90 queries which were focused on the capacities of microbiology laboratories to perform culture and AST. The questionnaires were sent to medical microbiology laboratories of 354 public hospitals, where the presence of a specialist knowledge is achieved by TR Ministry of Health. Results were analysed by using SPSS 18.0 statistical program. RESULTS: Three hundred twenty two laboratories replied the questionnaire among which were 70.5% state hospital, 16.5% training and research hospital and 13% university hospital laboratories. The number of laboratories which have positive reply to all three questions which are the first stage of the selecton criteria; presence of microbiolog specialist (99.1%), presence of bacteriology laboratory (97.5%) and performance of blood culture (83.6%), were 259 (80.4%) and they were included in further evaluation. The queries and percentage of the replies used for the second stage were: i) The number of AST performed to be more than the average monthly number for Escherichia coli (mean: 74.7), Klebsiella spp. (mean: 22.9), Staphylococcus aureus (mean: 19.6), Pseudomonas aeruginosa (mean: 19.5), Enterococcus spp. (mean: 16.1) and Streptococcus pneumoniae (mean: 3.7), ii) performance of AST when a microorganism that is generally accepted as clinically significant or significant for the patient from whom the microorganism was isolated; 49.2% and 30.2% for blood culture, and 88.7% and 75.5% for CSF, respectively, iii) the presence of standard operating procedures for AST (81.6%), iv) revising the internal quality control results (82.2%), v) usage of any of the standard methods for AST (95.8%), vi) using standard guidelines for the interpretation of results (94.2%), and vii) the evaluation of the consistency of the results (96.9%). Among 259 laboratories 173 of them replied all the queries for score determination, and these laboratories were grouped as 4-7; 8-11 and 12-15 according to their scores. Among 173 laboratories, 43 of them were found to be involved in the group 12-15 score. While most of the teaching and research hospitals and university hospitals received score 12-15 points (64.9% and 53.3% respectively), most of the state hospitals received 4-7 (50%) and 8-11 (47.2%) score points. DISCUSSION AND CONCLUSION: For the determination of participant laboratories; having a high score, equally distribution in 12 regions determined by Turkey Statistical Classification of Territorial Units include university, training and reserach and state hospitals were taken into consideration. Accordingly 78 laboratories which can provide reliable data for NAMRSS were chosen as participant. |
TÜM DERGİ | |
2. | THDBD 2015-3 Cilt 72 Tüm Dergi TBHEB 2015-3 Vol 72 Full Printed Journal Murat DUMANdoi: 10.5505/TurkHijyen.2015.23590 Sayfalar 175 - 272 Makale Özeti |Tam Metin PDF |
ARAŞTIRMA | |
3. | Hastanede yatan ishalli hastaların dışkı örneklerinde Clostridium difficile toksin araştırılması ve risk faktörlerinin incelenmesi Investigation of Clostridium difficile toxin in stool samples of patients hospitalized for diarrhea and analysis of the risk factors Hande Kostul, Nuran Delialioğlu, Elif Şahin - Horasan, Gürol Emekdaş, Candan Öztürk, Necdet Kuyucudoi: 10.5505/TurkHijyen.2015.36024 Sayfalar 183 - 190 GİRİŞ ve AMAÇ: Hastanede yatan özellikle geniş spektrumlu antibiyotik kullanan hastalarda Clostridium difficile ilişkili ishal görülmektedir. C. difficile’nin patojenik suşları toksin A ve toksin B olmak üzere iki ekzotoksin oluşturmaktadır. Bu toksinler kolon mukozasında hasarlanma ve inflamasyona sebep olmaktadır. Kendini sınırlayan hafif bir ishalden ağır seyirli psödomembranöz enterokolite kadar değişen bir klinik tablonun gelişmesi söz konusudur. Antibiyotik kullanımı dışında ileri yaş, gastrointestinal endoskopi, nazogastrik tüpün varlığı, antiülser ilaç kullanımı, altta yatan ciddi hastalıklar, immün sistemin baskılanması, yoğun bakım ünitesi ve uzun süreli hastanede yatış diğer risk faktörleri arasında sayılmaktadır. Kesin tanı; dışkıdan C. difficile’nin üretilmesi ve hücre kültüründe sitopatik etkiyi saptayarak toksin yapımının gösterilmesi ile konur. Ancak rutinde bu her zaman mümkün olmadığı için enzim immunoassay yöntemi ile toksinin gösterilmesi daha sık kullanılan bir yöntemdir. Bu çalışmada hastanede yatan ve ishalli hastalardan gönderilen dışkı örneklerinde bağırsak florası, C. difficile Toksin A ve B varlığı ve risk faktörlerinin araştırılması amaçlanmıştır. YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışmaya Eylül 2010-Ekim 2011 tarihleri arasında Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi’nde çeşitli kliniklerinde yatan ve ishalli hastalardan gönderilen 158 dışkı örneği dahil edilmiştir. Bu hastaların dışkı örneklerinde Enzyme-Linked Fluorescent Assay (ELFA) yöntemiyle C. difficile toksin A/B araştırılmıştır. Ayrıca bu örnekler mikroskobik olarak incelenmiş ve rutin bakteriyolojik kültürü yapılmıştır. BULGULAR: Çalışmanın sonucunda; 18 (%11,4) hastada C. difficile toksin A/B pozitif olarak bulunmuş ve bu hastaların 15 (%83,3)’inin beta-laktam - betalaktamaz inhibitörü grubu (penisilin, sefalosporin ve karbapenem) antibiyotik kullandığı görülmüştür. Toksin pozitif hastaların dışkı kültürlerinin bir tanesinde Candida albicans ürerken 17’sinde normal bağırsak flora bakterilerinin ürediği tespit edilmiştir. Toksin pozitif ve negatif hastalarda incelediğimiz çeşitli risk faktörlerinden penisilin kullanımında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmuştur. TARTIŞMA ve SONUÇ: C. difficile hastanede yatan ve antibiyotik kullanan hastalarda ortaya çıkan ishallerde öncelikle akla gelmelidir. Bu amaçla dışkı örneklerinden toksin A ve B hızlı tanısı için özgüllük ve duyarlılığı yüksek olan testler kullanılabilir. Sonuç olarak toksin pozitif olguların erken tanısı spesifik tedaviye başlanması ve etkili enfeksiyon kontrol önlemlerinin uygulanmasını sağlayacaktır. INTRODUCTION: The diarrhea related with the Clostridium difficile is seen especially in the patients hospitalized and using broad spectrum antibiotics. Pathogenic strains of C. difficile produce two exotoxins, toxin A and toxin B, which cause colonic mucosal injury and inflammation. It is possible to observe a clinical picture ranging from a mild self-limiting diarrhea to severe course of pseudomembranous enterocolitis. Besides antibiotic intake; advanced age, gastrointestinal endoscopy, presence of a nasogastric tube, receiving anti-ulcer medication, severe underlying illness, immunosuppression, intensive care unit and prolonged hospital stay are considered as other risk factors. The accurate diagnosis is established by producing C. difficile from the feces and demonstration of the toxin by determining the cytopathic effect in cell culture production. Since, this is not always possible in routine practice, demonstration of the toxin with enzyme immunoassay is a method used more often. The aim of this study was to investigate the intestinal flora from stool specimens of hospitalized patients and patients having diarrhea, existence of C. difficile toxin A and B and to determine the related risk factors. METHODS: Stool specimens of 158 diarrhea patients hospitalized in various clinics which were sent to Department of Medical Microbiology Laboratory from Mersin University Medical Faculty Hospital between September 2010 and October 2011 were included in this study. Toxin A/B of C. difficile were investigated in the stool specimens of these patients with Enzyme-Linked Fluorescent Assay (ELFA) method. In addition, these samples were examined microscopically and routine bacteriological cultures were done. RESULTS: As a result of this study, C. difficile toxin A/B is found as positive in 18 (11,4%) patients and 15 of these patients (83,3%) had used, beta-lactam - betalactamase inhibitor group (penicillins, cephalosporins, and carbapenems) antibiotics. One of the toxin positive patients had Candida albicans while normal intestinal flora bacteria were grown in 17 of them. Using of penicillin was found to be statistically significant among the various risk factors studied in toxin positive and toxin negative patients. DISCUSSION AND CONCLUSION: C. difficile should be considered as the main cause of diarrhea particularly occured in patients hospitalized and used antibiotics. For this purpose, tests which has high sensitivity and specificity may be used for rapid diagnosis of A and B toxins in stool samples. As a result, early detection of toxin positive cases will provide initiation of specific therapy and the implementation of effective infection control measures. |
4. | Mardin Devlet Hastanesi’nde 2011-2013 yılları arasında metisiline dirençli stafilokoklarda direnç profilleri Resistance patterns of the methicillin resistant staphylococci between 2011 and 2013 in Mardin State Hospital Filiz Orakdoi: 10.5505/TurkHijyen.2015.78309 Sayfalar 191 - 198 GİRİŞ ve AMAÇ: Metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA), ilk kez 1961 yılında tanımlandıktan sonra, özellikle antibiyotik direnci yönünden tüm dünyada önemli bir problem haline gelmiştir. MRSA suşları sıklıkla penisilinaza dirençli penisilinler, sefalosporinler dahil tüm beta-laktam grubu antibiyotiklere ve betalaktam grubu dışı bazı antibiyotiklere de dirençli olup sadece vankomisin ile teikoplanine duyarlıdır. Bu çalışmanın amacı, Mardin Devlet Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’nda izole edilen stafilokok suşlarında metisilin direnci ile birlikte çeşitli antibiyotiklere direnç durumunun araştırılmasıdır. Metisilin direncinin doğru olarak belirlenmesi uygun antimikrobik ilacın kullanımını sağlamak için gereklidir. YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışmada çeşitli klinik örneklerden izole edilen 73 stafilokok suşu kullanılmıştır. Antimikrobiyal duyarlılık testi olarak Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) önerileri doğrultusunda Kirby-Bauer disk difüzyon testi kullanılmıştır. Suşların metisilin dirençlerinin araştırılması amacıyla, %4 NaCl içeren Mueller-Hinton Agar (RTA, TR) ve 1 μg’lık oksasilin diski (Bioanalyse, TR) kullanılmıştır. BULGULAR: Suşların 22 (%30,1)’si MRSA, dokuzu (%12,3) MRCNS (Metisiline Dirençli Koagülaz Negatif S. aureus) ve 42 (%57,5)’si MSSA (Metisiline Duyarlı S. aureus) olarak belirlenmiştir. MRSA suşlarının beşi (%22,7) ve MRCNS suşlarının da üçü (%33,3) hastane kaynaklı olarak tespit edilmiştir. MRSA suşları eritromisine %81,8, sefoksitine %66,6, gentamisine %60; amoksisilin/klavulanik asit, penisilin ve norfloksasine %100 dirençli bulunmuştur. MRSA ve MRCNS suşlarında penisiline %100 oranında direnç saptanmıştır. TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmaya alınan hiçbir suşta vankomisin ve teikoplanine direnç bulunmaması sevindirici bir gelişmedir. INTRODUCTION: After the report of first case of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) had been described in 1961, MRSA became a major problem worldwide especially because of antibiotic resistance. MRSA strains are often resistant to beta-lactam antibiotics such as penicilinase resitant penicillins, cephalosporins and to some non-beta-lactam antibiotics, but they are only susceptible to vancomycin and teicoplanin. The aim of our study was to evaluate the resistance of Staphylococcus strains isolated at Mardin State Hospital against methicillin and various other antimicrobials. Accurate assessment of methicillin resistance is necessary to ensure proper use of antimicrobial drugs. METHODS: In this study, 73 Staphylococcus strains isolated from various clinical specimens were evaluated. As antimicrobial susceptibility testing was performed using the Kirby-Bauer disc diffusion method according to the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) criteria. Mueller-Hinton Agar (RTA,TR) containing 4% NaCl and 1 μg oxacillin disc (Bioanalyse, TR) were used for determining methicillin resistance. RESULTS: Of the strains tested, 22 (30.1%) were found to be (MRSA), nine (12.3%) were methicillin-resistant coagulase-negative staphylococci (MRCNS) and 42 (57.5%) were methicillin-susceptible S. aureus (MSSA). Five (22.7%) of the MRSA strains, and three (33%) of the MRCNS strains were identified as nosocomial. 81.8% of the MRSA strains were found to be resistant to erythromycin; 66.6% to cefoxitin; 60% to gentamicin; and 100% to amoxicillin/ clavulanic acid, norfloxacin and penicillin. The resistance rates to penicillin among the MRSA and MRCNS strains were determined to be 100%. DISCUSSION AND CONCLUSION: It is a welcome development to find that there was no resistance to vancomycin and teicoplanin strains tested in this study. |
5. | Tüketime sunulan çeşitli hazır yemek ürünlerinin mikrobiyolojik kalitesinin belirlenmesi Determination of microbiological characteristics of several kinds of ready-to-eat meals presented for consumption Şule Şenses - Ergül, Havva Sarı, Sevinç Ertaş, Umut Berberoğlu, Yıldırım Cesaretli, Hasan Irmakdoi: 10.5505/TurkHijyen.2015.81994 Sayfalar 199 - 208 GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada, tüketime sunulan çeşitli hazır yemek ürünlerinin mikrobiyolojik kalitelerinin incelenmesi ve gıda zehirlenmeleri açısından taşıdıkları riskin belirlenmesi amaçlanmıştır. YÖNTEM ve GEREÇLER: Tüketime sunulan toplam 666 hazır yemek ürünü incelenmiştir. Bu gıdalar Türk Gıda Kodeksi Mikrobiyolojik Kriterler Yönetmeliği’nde yer alan; Salmonella spp. (TS EN ISO 6579), Listeria monocytogenes (TS EN ISO 11290-1), Escherichia coli O157 (TS EN ISO 16654), termotoleran Campylobacter spp. (TS EN ISO 10272), Bacillus cereus (TS EN ISO 7932), koagülaz pozitif stafilokoklar (TS EN ISO 6888-1), sülfit indirgeyen anaerop bakteri (ISO 15253), E. coli (Bacteriological Analytical Manual), küf ve maya (TS EN ISO 21527-1 ve 21527-2), stafilokokal enterotoksin (3M Tecra) parametreleri açısından incelemeye alınmışlardır. BULGULAR: İncelemeye alınan hazır yemek örneklerinden 612 adedi (%92) Yönetmelik’te yer alan gıda güvenilirliği ve patojen mikroorganizma limitleri açısından tüketime uygun bulunurken, 54 adedinin (%8) bir veya daha fazla parametre yönünden tüketime uygun olmadıkları belirlenmiştir. Çalışmada, örneklerin hiçbirinde Salmonella spp., L. monocytogenes, E. coli O157 ve termotoleran Campylobacter spp. tespit edilmemiştir. Hazır yemek ürünlerinden 30 adedinin B. cereus (1x103 - 5,7x104 kob/g), 14 adedinin E. coli (1,5x101 - >1,1x103 EMS/g), beş adedinin sülfit indirgeyen anaerop bakteri (1,6x103 - >3x104 kob/g), bir adedinin koagülaz pozitif stafilokok (4x103 kob/g) ve bir adedinin de toplam küf-maya (2,6x104 kob/g) parametreleri yönünden Mikrobiyolojik Kriterler Yönetmeliği’nde belirtilen limitlere uygun olmadığı belirlenmiştir. Ayrıca altı adet hazır yemek ürününde stafilokokal enterotoksin bulunmuştur. TARTIŞMA ve SONUÇ: Elde edilen bulgulara göre incelemeye alınan tüketime hazır yemek ürünlerinin mikrobiyolojik kalitelerinin genellikle (%92) yeterli olduğu saptanmıştır. Tüketime uygun olmadıkları belirlenen hazır yemeklerin ise uygunsuz bulundukları parametrelerin yemek türüne bağlı olarak değiştiği görülmüştür. Çalışmamızda, tüketime sunulan ve ısıtılarak servis edilen hazır yemek ürünlerinin özellikle B. cereus, stafilokokal enterotoksin ve sülfit indirgeyen anaerop bakteri parametreleri, soğuk olarak servis edilen salata, meze gibi ürünler ile üretim sırasında elle temasta bulunulan pişirilmiş unlu mamullerin ise E. coli ve koagülaz pozitif stafilokok parametreleri açısından risk taşıdıkları sonucuna ulaşılmıştır. INTRODUCTION: In this study, determination of microbiological quality of several kinds of ready-to-eat meals and their risk in means of foodborne infections, were aimed. METHODS: Total of 666 ready-to-eat meals available for consumption, were examined. These products were examined in means of the parameters; Salmonella spp. (TS EN ISO 6579), Listeria monocytogenes (TS EN ISO 11290-1), Escherichia coli O157 (TS EN ISO 16654), thermotolerant Campylobacter spp. (TS EN ISO 10272), Bacillus cereus (TS EN ISO 7932), coagulase positive staphylococci (TS EN ISO 6888-1), sulfite reducing anaerobic bacteria (ISO 15253), E. coli (Bacteriological Analytical Manual), molds-yeasts (TS EN ISO 21527- 1 ve 21527-2) and staphylococcal enterotoxin (3M Tecra) parametres as it was stated in Regulation on Microbiological Criteria for Foods. RESULTS: 612 (92%) of the investigated ready-toeat meals were found in accordance with the food safety criteria and limits of pathogenic microorganisms mentioned in the Regulation, while 54 of them (8%) were found unsuitable for consumption. In none of the samples Salmonella spp., L. monocytogenes, E. coli O157 and thermotolerant Campylobacter spp. were not detected. In the study, number of the ready-to-eat meals which were not complying the limits specified in the regulations in terms of B. cereus (1x103 - 5.7x104 cfu/g) was 30. The number of ready to eat meals which were above limits for E. coli (1.5x101 - >1.1x103 MPN/g), staphylococcal enterotoxin and sulphite reducing anaerobic bacteria (1.6x103 - >3x104 cfu/g), were found as; 14, 6 and 5, respectively. While one sample was found unsuitable for consumption in means of coagulase positive staphylococci (4x103 cfu/g), another sample was found unsuitable for consumption in means of total mold and yeast counts (2.6x104 cfu/g). DISCUSSION AND CONCLUSION: According to the data obtained in this study, microbiological quality of the ready-to-eat meals were found mostly good. The meals which were found unsuitable for consumption in means of the parameters not complying the limits showed differences depending on the kind of the food sample. In this study, it was found that ready-to-eat meals served after reheating carry risk in means of B. cereus, staphylococcal enterotoxin and sulphite reducing anaerobic bacteria parameters. Additionally, cold meals like salads, apetizers and cooked bakery products were found to carry risk in terms of the parameters; E. coli and coagulase positive staphylococci. |
6. | Manisa’da aynı yemek şirketinden yemek alan farklı işletmelerde meydana gelen stafilokok kaynaklı besin zehirlenmesi Food poisoning caused by staphylococcus in various workplaces getting food from the same catering company in Manisa Ali Hasan Zubaroğlu, Ali Boz, Selmur Topal, Fehminaz Temel, Mustafa Bahadır Sucaklı, Belkıs Levent, Gonca Atasoylu, Metin Kızılelmadoi: 10.5505/TurkHijyen.2015.38991 Sayfalar 209 - 218 GİRİŞ ve AMAÇ: Manisa’da aynı yemek şirketinden yemek alan 23 farklı kurumda besin zehirlenmesi meydana gelmiş ve çok sayıda kişi etkilenmiştir. Bu araştırma, sorunun kaynağını tespit etmek, koruma ve kontrol önlemlerini almak amacıyla yapılmıştır. YÖNTEM ve GEREÇLER: 25.04.2014 öğle yemeği sonrası farklı işletmelerden çok sayıda kişinin sağlık kurumlarına başvurdukları bildirilmiştir. İşletmelerdeki personel sayısının fazla olması ve bütün çalışanlara ulaşılmasının zorluğu nedeniyle vaka kontrol çalışması planlanmıştır. Araştırma; atak hızının en yüksek ve vaka sayısının en fazla olduğu yedi işyerinde yapılmıştır. Anketler yüz yüze görüşülerek doldurulmuştur. Enfektif etken tespiti için su, gıda ve klinik örnekler alınmıştır. BULGULAR: Araştırmada 94 vakaya ulaşılmış ve aynı sayıda kontrol seçilmiştir. Vakaların tamamında ishal ve kusma, %94,7’sinde bulantı %85,1’inde halsizlik, %83’ünde karın ağrısı ve %38,3’ünde ateş olduğu belirlenmiştir. Vakaların ortalama inkübasyon süresi 3 saat 42 dakika (En düşük= 35 dk. – En yüksek= 7 saat 30 dk.) olarak bulunmuştur. Salgın eğrisi incelendiğinde olayın tek kaynaklı salgın olduğu belirlenmiştir. Vakalarda kontrollere göre “Kayısı Topu Tatlısı” yeme tahmini rölatif riski 8,7 kat olarak bulunmuştur (%95 GA = 1,1-71,4). Diğer gıdaların tüketimleriyle hastalık arasında anlamlı bir ilişki saptanmamıştır. Alınan gıda numunelerinde kayısı topu tatlısında Staphylococcus aureus tespit edilmiştir. Kayısı topu tatlısının üretildiği işletme çalışanlarından birinin nazal sürüntüsünde S. aureus izole edilmiştir. Ancak yapılan ileri analizlerde bu suş ile gıda izolatından elde edilen suşun moleküler düzeyde birbirlerinden farklı oldukları belirlenmiştir. TARTIŞMA ve SONUÇ: Laboratuvar sonuçları ve epidemiyolojik analizler sonucunda yaşanan besin zehirlenmesinin kaynağının kayısı topu tatlısı olduğu belirlenmiştir. Geriye dönük gıda takibi yapılmış ancak bulaşın ne şekilde olduğu belirlenememiştir. Benzer olayların tekrar yaşanmaması için ilgili yemek şirketindeki hijyen eğitimleri eksik olan personelin eğitim alması sağlanmış, taşıyıcılık tespit edilen çalışan tedavi edilmiş, ayrıca tedarikçi firmaya para cezası verilmiştir. Besin zehirlenmelerinde kaynağın belirlenmesi ve bulaş zincirinin tespiti amacıyla Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı ile Sağlık Bakanlığı’nın zamanında ve ortak hareket etmesi gerekmektedir, bu nedenle uygun yasal düzenlemeler geliştirilmelidir. INTRODUCTION: A food poisoning occurred in 23 different workplaces, obtaining food from the same catering company in Manisa and many people were affected. This research was conducted to identify the source of the problem and control and preventive measures. METHODS: On April 25th 2014, many workers from various workplaces were admitted to the health institutions after lunch. Due to the high number of staff in the workplaces and difficulty of reaching all of them, a case-control study was planned. Research was conducted in seven workplaces which had both the highest number of cases and attack rate. Data was collected through a questionnaire. Water, food and clinical samples were taken to identify the infective agent. RESULTS: In this research 94 patients were reached and same number of controls were selected. Diarrhea and vomiting were present among all cases; in 94.7% nausea, in 85.1% fatigue, in 83% abdominal pain and in 38.3% fever. Average incubation period of cases was 3 h and 42 min (Min= 35 min – Max= 7 h and 30 min). Epidemic curve showed a point source outbreak. The odds of “Eating Apricot Ball Dessert” was found 8.7 times in cases when compared to controls (95% CI = 1.1-71.4). There was no significant association between the other food items and the disease. Analysis of food samples were revealed “Staphylococcus aureus” in apricot ball dessert. S. aureus was also isolated from a nasal swab of an employee working in the kitchen of the catering company that produced the apricot ball dessert. However, further analysis of these two strains revealed that the isolates were different from each other at molecular level. DISCUSSION AND CONCLUSION: Epidemiological and laboratory findings showed that apricot ball dessert was the origin of food poisoning. Although traceback investigation of food was conducted the route of contamination has been fined. In order to prevent reoccurence of similar incidents; training was provided for foodcompany workers who does not have hygiene training; the porter worker was treated, and besides supplier company could not be determined. Ministry of Health and Ministry of Food, Agriculture and Livestock should act timely and together to identify the source and chain of transmission in food poisoning incidents. For this purpose convenient legal regulations should be improved. |
7. | İpek atıksularından geri kazanılan serisin proteininin karakterizasyonu Characterization of sericin protein recovered from silk wastewaters Gökşen Çapar, Seylan Saniye Aygündoi: 10.5505/TurkHijyen.2015.47113 Sayfalar 219 - 234 GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmanın amacı, ipek atıksularından geri kazanılan serisin proteininin özelliklerini belirlemektir. YÖNTEM ve GEREÇLER: Orta Doğu Teknik Üniversitesi Mühendislik Bilimleri Bölümü’nde 2007-2008 yılları arasında ipek atıksuyundan membran teknolojisi ile serisin proteini geri kazanılmıştır. Protein karakterizasyon çalışması Ankara Üniversitesi Su Yönetimi Enstitüsü’nde 2012 yılında tamamlanmıştır. Geri kazanılan protein moleküler ağırlık, nem ve kül içeriği, elementel analiz ve amino asit kompozisyonu yönünden incelenmiştir. Proteinin saflaştırılması için diyaliz işlemi uygulanmıştır. Serisin kozadan hidrotermal işlemle ekstrakte edilmiştir. Geri kazanılan proteinin farklı pH değerlerinde suda çözünürlüğü belirlenmiştir. Protein tanımlanması için 2-D jel elektroforez ve MALDI-TOF analizleri kullanılmıştır. BULGULAR: Geri kazanılan serisinin molekül ağırlık aralığı 40-176 kDa olarak tespit edilmiş, en yüksek fraksiyonun ise 86-96 kDa aralığında ve %79-97 oranında olduğu bulunmuştur. Geri kazanılan serisin, biyomalzeme ve membran yapmaya uygun olan yüksek-molekül ağırlıklı serisin olarak sınıflandırılmıştır. Nem ve kül içerikleri %2,8-3,9% ve %11,3-14,4 olarak bulunmuştur. Geri kazanılan serisinin elementel kompozisyonunda, C, H, N içerikleri sırasıyla %36,7-45,3; %5,4-8,8 ve %10,2-16,8 olarak bulunmuştur. Geri kazanılan serisinin özellikleri, bu çalışmada kullanılan referans serisine ve literatürde yer alan diğer serisin örneklerine oldukça benzer çıkmıştır. Çözelti pH’sı, geri kazanılan serisinin suda çözünürlüğünü belirgin bir derecede etkilemiş; bu nedenle etanolün, asitlere kıyasla daha uygun bir çökeltme ajanı olduğu gözlenmiştir. Bazı amino asitler uygulanan işlemler sırasında kaybedilmiş olsa da amino asit kompozisyonu kabul edilebilir bulunmuştur. İpek atıksuyundan geri kazanılan serisin, %28,9’luk serin içeriği ile yüksek nem tutma potansiyeline sahiptir. TARTIŞMA ve SONUÇ: İpek atıksuyundan geri kazanılan serisin biyomedikal, kozmetik ve ilaç endüstrilerinde potansiyel uygulamalar için umut verici bir hammaddedir. INTRODUCTION: This study aims to determine the characteristics of sericin protein recovered from silk wastewaters. METHODS: Sericin protein was recovered from silk wastewaters by membrane technology in Engineering Sciences Department of the Middle East Technical University between 2007 and 2008. The protein characterization study was completed in Ankara University Water Management Institute in 2012. The recovered protein was characterized in terms of molecular weight, moisture and ash contents, elemental and amino acid compositions. Dialysis was adopted to purify the protein. Sericin was extracted from native cocoons via hydrothermal processing. The solubility of recovered sericin samples at various pH values was determined. 2-D gel electrophoresis and MALDI-TOF analyses were used for protein identification. RESULTS: The molecular weight range of recovered sericin was found as 40-176 kDa, with 86-96 kDa at the highest fraction of 79-97%. The recovered sericin was classifed as high-molecular weight sericin, which is suitable for making biomaterials and membranes. Moisture and ash contents were found as; 2.8-3.9% and 11.3-14.4%. In terms of elemental composition, C, H, N contents of recovered sericin were determined as; 36.7-45.3%, 5.4-8.8% and 10.2-16.8%, respectively. Properties of recovered sericin were quite similar to the reference sericin used in this study and those reported in literature. Solution pH significantly influenced the solubility of recovered sericin, so ethanol was observed to be a better precipitation agent than the acids used. Although some amino acids were lost during processing, the amino acid composition was acceptable. Sericin recovered from silk wastewater, with a serine content of 28.9%, had the potential of high moisture absorption. DISCUSSION AND CONCLUSION: Sericin recovered from silk wastewaters is a promising raw material for potential applications in biomedical, cosmetics and pharmaceutical industries. |
OLGU SUNUMU | |
8. | Anjioimmünoblastik T-hücreli lenfoması olan bir hastada çoklu ilaç dirençli Corynebacterium mucifaciens’in neden olduğu ölümcül bir sepsis olgusu A fatal case of sepsis caused by multidrug-resistant Corynebacterium mucifaciens in a patient with an angioimmunoblastic T cell lymphoma Fatma Koksal - Çakırlar, Nevriye Gönüllü, Mert Kuşkucu, Kübra Can, Seval Ürkmez, Kenan Midilli, Nuri Kirazdoi: 10.5505/TurkHijyen.2015.58224 Sayfalar 235 - 240 Son yıllarda Corynebacterium türleri fırsatçı patojenler olarak dikkat çekmeye başlamıştır. Corynebacterium mucifaciens deri, kan ve diğer steril vücut sıvılarından izole edilmiştir. 1997’de tarif edildiğinden bu yana nadiren insan patojeni olarak bildirilmiştir. Bu yazıda febril nötropeni ve septik şok ön tanısı ile İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Sadi Sun Yoğun Bakım Ünitesinde takibe alınan anjioimmünoblastik T-hücreli lenfoma tanısı almış 58 yaşında bir erkek olgu sunulmaktadır. Kan kültüründe üreyen Gram pozitif çomak şeklinde bakterilerin identifikasyonu Phoenix (BD Diagnostic Systems, Sparks, MD) otomatize idendifikasyon sistemi kullanılarak yapılmıştır ve 16S rRNA dizi analizi ile doğrulanmıştır. Bakterinin antibiyotik MIK değerleri E test ile saptanmıştır ve EUCAST kriterlerine göre değerlendirilmiştir. Hastadan alınan 4 kan kültür örneğinde saf olarak Gram pozitif çomak şeklinde üreyen bakteri, C. mucifaciens olarak tanımlanmıştır. Bakteri kökeninden elde edilen 16S rRNA dizisi, GenBank veri bankası ile yapılan karşılaştırmada C. mucifaciens ile uyumlu bulunmuştur. Bakterinin E test ile yapılan antibiyotik MIK değerleri seftazidim, klindamisin, azitromisin ve klaritromisin için >256 μg/mL, sefotaksim ve siprofloksasin için 32 μg/mL, penisilin, ampisilin ve sefepim için 16 μg/mL, imipenem için 6 μg/mL, piperasillin+tazobaktam için 8 μg/mL, amoksisilin+klavulanik asit için 3 μg/mL, tobramisin için 0,16 μg/mL, amikasin için 1,25 μg/mL ve teikoplanin için 2 μg/mL olarak tespit edilmiştir. Vankomisin (MİK, 1 μg/mL) ve gentamisin (MİK, 0,16 μg/mL) C. mucifaciens’e etkili ilaçlar olarak bulunmuştur. Hasta yapılan tüm müdahelelere rağmen septik şok ve çoklu organ yetersizliği nedeniyle kaybedilmiştir. C. mucifaciens immün-yetmezlik öyküsü olan hastalarda önemli bir insan patojeni olarak düşünülmelidir. In recent years, Corynebacterium species has attracted attention as opportunistic pathogens. Corynebacterium mucifaciens has been isolated from skin, blood and other sterile body fluids. It has been rarely reported as human pathogens, since it was described in 1997. In this study, a 58 years old male patient who has a medical history of angioimmunoblastic T-cell lymphoma, taken to the Sadi Sun Intensive Care Unit in I.U. Cerrahpasa Medical Faculty Hospital with the preliminary diagnosis of febrile neutropenia and septic shock was reported. The identification of Gram-positive rod-shaped bacteria isolated in blood cultures was performed by using the Phoenix (BD Diagnostic Systems, Sparks, MD) automated identification system and was confirmed by 16S rRNA sequence analysis. Bacterial antibiotic MIC values were determined by E-test and evaluated according to EUCAST criteria. Gram-positive rod-shaped bacteria which were isolated from 4 blood culture samples taken from the patient, were identified as C. mucifaciens. The 16S rRNA gene sequence which obtained from the bacteria was matched with C. mucifaciens sequences in GenBank database. Antibiotic MIC values with E test were determined as; >256 μg/mL for ceftazidime, clindamycin, azithromycin, and clarithromycin, 32 μg/mL for cefotaxime and ciprofloxacin, 16 μg/mL for penicillin, ampicillin and cefepime, 6 μg/mL for imipenem, 8 μg/mL for piperacillin + tazobactam, 3 μg/mL for amoxicillin + clavulanic acid, 0.16 μg/ mL for tobramycin, 1.25 μg/mL for amikacin and 2 μg/mL for teicoplanin, respectively. Vancomycin (MIC, 1 μg/mL) and gentamycin (MIC, 0.16 μg/mL) were found to be the effective antibiotics against C. mucifaciens. Despite all of the interventions performed patient passed away due to septic shock and multiple organ failure. C. mucifaciens should be considered as an important human pathogen in patients with history of immunodeficiency. |
DERLEME | |
9. | Tarım çalışanlarının bitki koruma ürünleri konusunda bilgi ve davranışları Knowledge and behavior of agricultural workers about the plant protection products Ersin Uskundoi: 10.5505/TurkHijyen.2015.54872 Sayfalar 241 - 254 Bitki koruma ürünleri doğru kullanılmadıklarında halk sağlığı ve çevre üzerine olumsuz etkilere neden olabilirler. Bu çalışmada tarım çalışanlarının bitki koruma ürünleriyle ilgili bilgi ve davranışları dünyadaki ve Türkiye’deki çalışmalarda bildirilen bulguların ışığında derlenmiştir. Yapılan çalışmalarda standart bir form kullanılmadığından değerlendirmelerin farklı başlıklarla ya da sorularla yapıldığı görülmektedir. Bu çalışmaların birçoğunda tarım çalışanlarının bitki koruma ürünlerini kullanma, zamanlama, ilaç seçimi ve doz belirlemede karar verirken kimden bilgi ya da öneri aldıkları, ürünü uygun dozda kullanıp kullanmadıkları, tarım ürünlerinde bitki koruma ürünü ile ilgili kalıntı kaygısı yaşayıp yaşamadıkları ve bu kaygı için neler yaptıkları, ürünleri hangi koşullarda sakladıkları, ürün üzerindeki kullanım talimatlarını okuma ve uygulama durumları, uygulama sırasında kişisel koruyucu donanım (maske, eldiven, özel giysi) kullanıp kullanmadıkları, ilaçlama sırasında ya da sonrasında sağlık sorunu yaşayıp yaşamadıkları ve yaşıyorlarsa ne tür şikayetlerinin olduğu, kullanılmış boş ürün ambalajlarını nasıl bertaraf ettikleri sorgulanmıştır. Bu araştırmalardan elde edilen sonuçlara göre; tarım çalışanlarının büyük çoğunluğu ürün uygulama zamanına kendisi karar vermekte (%30-80), kullanacağı ürünü ve dozunu kendisi belirlemekte (%45), ürünün önerilen dozuna uymamakta ve yüksek dozda ürün uygulamaktadırlar (%18-30). Bir kısmı tarım ürünleri üzerindeki kalıntı sorununu önemsememekte ve uygulama yaparken bu durumu dikkate almamakta (%9-32), ürünün uygulama sonrası bekleme sürelerine uymamaktadırlar (%4- 68). Tarım çalışanları bitki koruma ürünleri ile ilgili korunma ve hijyen kurallarına yeterince uymamaktadır (uygulama sonrası el yıkama %60-100, tüm vücut temizliği yapma %33-91). Kişisel koruyucu donanım kullanımı (%31-93) düşüktür. Ürünlerin kullanımı sırasında veya sonrasında, akut etkilenim belirtileri yaygın (%20-70) olarak görülmektedir. Boş ürün ambalajları uygun şekilde bertaraf edilmemekte, çevreye rasgele bırakılmakta (%3-80), bazen de yeniden kullanılmaktadır (%2-11). Uygulama sırasında bir kısım tarım çalışanlarının çevreyi ve çevredeki evcil hayvanları dikkate almaması (%85-90) da endişe vericidir. Tarım alanında çalışan bireylerin bitki koruma ürünlerinin kullanımıyla ilgili doğru bilgi, tutum ve davranış geliştirmelerini sağlamak amacıyla, daha çok eğitime, davranış değişikliği sağlayacak programlara ve denetime gereksinim vardır. When the plant protection products are not used properly, they may have adverse effects on public health and environment. In this study, the knowledge and behavior of agricultural workers about the plant protection products in the light of findings that have been reported in the studies performed in Turkey and the world were reviewed. Since there was no standard form used in these studies, assessments were seen to be made through different titles or questions. In most of the studies from whom did the agricultural workers receive knowledge or recommendation for making decision about use of the plant protection products, timing, pesticide selection and dosage definition; whether the product is used at proper dose; or not whether they were concerned about residue of pesticides on the products and what did they do about this concern; in which circumstances were they storing the products, whether they read and implement the instruction on the products; whether they were using personal protective equipment (mask, glove, special wear) during the spraying, whether they experienced health problems during or after the agricultural spraying and, if yes what kind of complaints they had and how were they disposing the used empty products packages. According to the results of these studies; majority of the agricultural workers (30-80%) decide the timing of product application by themselves; defined the pesticide and dosage themselves (45%); they did not comply to the recommended dosage and they used high doses of pesticides (18-30%). Some of them ignored the issue of residuel pesticides on the products and neglect this during the application (9-32%) and; mostly (4-68%) did not comply to the waiting period following the application. Agricultural workers did not sufficiently follow the protection and hygiene rules (washing hands after application: 60- 100% and taking a shower after application: 33-91%) regarding plant protection products. Rate of personal protection equipment usage was low. Symptoms of acute exposure was commonly (20-70%) seen during or after product usage. Empty product packages were not properly disposed, randomly left to environment (3-80%) and sometimes used again (2-11%). It was also of concern that some of them (85-90%) did not take into account environment and surrounding animals. Further training, programs and supervisions are needed in order to workers in the agriculture field correct knowledge, attitudes and behavior development regarding the use of pesticides. |
10. | Bitkilerde RNA interferans RNA interference in plants Sümer Aras, Semra Soydam - Aydın, Aslı Fazlıoğlu, Demet Cansaran - Duman, İlker Büyük, Kürşat Dericidoi: 10.5505/TurkHijyen.2015.13285 Sayfalar 255 - 262 RNA interferans (RNAi) mekanizması, hücreye giren çift zincirli RNA’nın (dsRNA) komplementeri olan mRNA zincirinin degradasyonuna yol açması ile sonuçlanan transkripsiyon sonrası gen susturma (posttranscriptional gene silencing), ya da gen ifadesinin düzenlenmesi olarak tanımlanır. RNAi mekanizması sırasında, hedef mRNA’ya komplementer dizi, 500 kDa ağırlığında ve nükleaz aktiviteli bir RNA-multi protein kompleksi olan RISC faktörü aracılığı ile mRNA’nın anlamlı dizisine bağlanır ve gen susturulma mekanizması bu RISC faktörü aracılığı ile kontrol edilir. Gen susturulması mRNA’nın RISC faktöründe bulunan ‘Argounate’ proteinle etkileşime girmesi ve ‘Dicer’ enzimi tarafından tanınıp kesilmesi ile gerçekleşir. Bu mekanizma, genomun virüs kalıtım materyali ve transpozonlar gibi hareketli genetik elementlerin istilasından korunmasını sağlamak amacıyla gerçekleşen doğal bir işlemdir. RNAi mekanizması, ökaryot organizmalarda iki tür molekül tarafından gerçekleştirilir. Bu moleküller 22 nükleotid uzunluğunda miRNA (micro RNA) ve 21- 23 nükleotid uzunluğunda, çift zincirli siRNA (small interfering RNA) molekülleridir. Son yıllarda bilim dünyasının önde gelen konuları arasında yer alan RNAi araştırmaları ile çeşitli organizmalarda genlerin işlevlerini inceleme, işlevlerini bilmediğimiz genlerin fonksiyonlarını belirleme, konak patojen ilişkisi, üreme, programlanmış hücre ölümü, tümör oluşumu gibi birçok alanda bilgi sahibi olunmuştur. Ayrıca; bitkilerde kodlanmayan RNA’ların doku farklılaşması ve gelişiminin kontrolü, sinyal iletimi, fitohormonlarla etkileşim, abiyotik (kuraklık, tuzluluk vb.) ve biyotik (patojenler vb.) stres gibi çevresel etmenlere verilen cevaplarda rol oynadığı görülmüştür. Bu derleme çalışmasında RNAi mekanizmasının temelleri ve bitkilerde RNAi kullanımı açıklanmaya çalışılacaktır. RNA interference (RNAi) is defined as silencing of gene after transcription (post-transcriptional gene silencing), when double stranded RNA (dsRNA) steps into the cell and cause degradation of endogenic complementary mRNA, or regulation of gene expression process. During RNA is mechanism, complementary sequence of target mRNA connects to sense strand of mRNA by factor of RISC. Gene silencing mechanism is controlled by RISC factor with a mass of 500 kDa which is RNA multi protein complex with nuclease activity. Silencing is occurred by cutting of mRNA, which is interacting with Argounate protein on RISC factor, with Dicer enzyme. This silencing mechanism is natural and takes a position in defending genome and biological function of organisms from invasion of movable genetic material such as viral hereditary material and transposons. RNAi mechanism realized with two kinds of molecules in eukaryotic organisms. These are miRNA (microRNA) which is 22 bp and siRNA (small interfering RNA) which is 21-23 bp. In recent years RNAi has become prominent research area in science world. Several information were achieved with researches of RNAi such as determining function of genes, host-pathogen interaction, reproduction, apoptosis (programmed cell death) and tumorgenesis etc. Also, determined with RNAi researchs that; non-coding RNA plays role in controlling of tissue development and differentiation, signal transduction, interaction with phytohormone, responses of abiotic (drought, salinity etc.) or biotic (pathogens etc. ) stress. As a conclusion, this review will try to explain base of RNAi mechanism and usage in plants. |
11. | Mikolojik klinik tanıda moleküler teknikler Molecular techniques for clinical diagnostic mycology Nuri Kirazdoi: 10.5505/TurkHijyen.2015.99705 Sayfalar 263 - 272 Mantar hastalıklarının tanımı, özellikle bağışıklığı baskılanmış hastalarda bir sorun olmaya devam etmektedir. İnvaziv mantar enfeksiyonlarının klinik yönleri genellikle özgül değidir, başka mikroorganizmalar tarafından da oluşturulabilir ve kolonizasyonu invaziv hastalıktan ayırt etmek güçtür. Mevcut tanım yöntemleri ekseri duyarlılıktan yoksundur. Böylece, sistemik mantar enfeksiyonlarının erken tanımı için çeşitli tanım yöntemlerinin birlikte kullanılması gerekmektedir. Mikroskop incelemesi, kültüre dayalı yöntemler, antijen aranması ve moleküler teknikler tanımı kolaylaştırabilir ve hızlandırabilir. Klinik örnekte bulunan mantarın belirlenmesi ve tanımlanması için nükleik asit amplifikasyon teknolojisi, özgül problar ve nükleik asit sekanslama moleküler teknikleri çok hızla gelişmektedir. Ancak hangisinin en uygun olduğunu belirlemek için henüz karşılaştırmalı çalışmalar bulunmamaktadır ve bugüne kadar testlerin standartlaştılması geliştirilememiştir. Dolayısıyla, moleküler testlerin rutin laboratuvarlarda kullanılabilmesi için önce geçerli kılınmalarına ve standartlaştırılmalarına gereksinim bulunmaktadır. Diagnosing fungal infections remains a problem, particularly in the immunocompromised patient. The clinical manifestations of invasive fungal infections are usually not specific and can be produced by other organisms and colonization is difficult to distinguish from invasive disease. Existing diagnostic tools often lack sensitivity. Thus, the combination of various diagnostic tools is mandatory to allow earlier diagnosis of systemic fungal infections. Microscopy, culture based methods, antigen detection, and molecular techniques may help to facilitate and accelerate the diagnosis. Molecular methods are being developed for the detection and identification of fungi present in clinical samples at a very fast rate, whether it is done by nucleic acid amplification technology or by specific probes or nucleic acid sequencing. However, no comparative studies have been done to determine which are optimal and no standards for testing have been developped to date. Therefore, extensive validation and standardization is needed, before molecular assays can be used in a routine laboratory. |