Evaluation of COVID-19 cases detected positive by RT-PCR

INTRODUCTION: In this study, it was aimed to examine samples sent to Antalya Public Health Laboratory (AHSL) with the suspicion of COVID-19 by RT-PCR and to investigate the epidemiological and clinical characteristics of the cases.
METHODS: This study, conducted between 18 March 2020 and 18 May 2020, retrospectively analyzed on 6404 respiratory tract samples that came to AHSL with suspected COVID-19. SARS CoV-2 specific N and Orf1ab gene regions were analyzed with Real Time PCR test in respiratory tract samples. Medical, epidemiological and demographic information of the people who were tested were obtained retrospectively. Chi-square test was used to compare the proportional differences between groups.
RESULTS: 6.2% (n = 398) of 6404 respiratory tract samples were found to be positive. There was a significant difference between the month of the test and the PCR positivity rate (p <0.05). While the rate of being between the ages of 13-44 was lower in PCR positive cases, the rate of being between the ages of 45-64 was higher (p <0.05). In cases where PCR was studied, the positivity rate in women was higher than in men (p <0.05). While the rate of being employed in PCR positive cases was lower, the rate of being in the non-working group was higher (p <0.05). PCR positive cases had less risk factors (p <0.05). PCR positive cases had a lower smoking rate (p <0.05). A statistically significant difference was found between the travel history and especially the travel history abroad and the test results. PCR positive cases had a higher travel history (p <0.05). PCR positive cases had a higher contact history (p <0.05).
98.8% (n = 6326) of the samples included in the study were nasopharyngeal swap samples. There was no statistically significant difference between the presence of symptoms and test results. Although there was no difference with the presence of general symptoms, when individual symptoms were considered, cough, respiratory distress and malaise were proportionally higher in PCR positive cases than PCR negative (p <0.05). There was no significant difference between test results and outpatient follow-up or hospitalization.

DISCUSSION AND CONCLUSION: Since COVID-19 infection is a complex situation with asymptomatic cases, RT-PCR test should be used in community screenings in order to evaluate the epidemic potential in a realistic way. Control mechanisms should be made more effective for people in closed environments and especially in the 45-64 age group.

RT-PCR ile pozitif saptanan COVID-19 vakalarının değerlendirilmesi

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada Antalya Halk Sağlığı Laboratuvarı (AHSL)’ na COVID-19 şüphesi ile gönderilen örneklerin RT-PCR ile incelenmesi ve vakaların epidemiyolojik ve klinik özelliklerinin araştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışma, AHSL’na COVID 19 şüphesi ile gelen 6404 solunum yolu örneği üzerinde yapıldı. Solunum yolu örneklerinde Real Time PCR testi ile SARS CoV-2 spesifik N ve Orf1ab gen bölgeleri analiz edildi. Test yapılan kişilerin tıbbi, epidemiyolojik ve demografik bilgilerine retrospektif olarak ulaşıldı. Gruplar arası oransal farklılıkları karşılaştırmak için ki-kare testi kullanıldı.
BULGULAR: 6404 solunum yolu örneğinin %6,2 si (n=398) pozitif saptandı. Testin yapıldığı ay ile PCR pozitiflik oranı arasında anlamlı farklılık görüldü (p<0,05). PCR pozitif hastalarda 13-44 yaş aralığında olma oranı daha düşük iken, 45-64 yaş arasında olma oranı daha yüksekti (p<0,05). PCR çalışılan olgularda kadınlarda pozitiflik oranı erkeklere göre daha yüksekti (p<0,05). PCR pozitif hastaların işçi olma oranı daha düşük iken, çalışmayan grupta olma oranı daha yüksekti (p<0,05). PCR pozitif hastalar daha az oranda risk faktörüne sahipti (p<0,05). PCR pozitif hastaların sigara kullanma oranı daha düşüktü (p<0,05). Seyahat öyküsü ve özellikle yurtdışı seyahat öyküsü ile test sonuçları arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılık bulundu. PCR pozitif hastaların seyahat öyküsü daha yüksekti (p<0,05). PCR pozitif hastaların temas öyküsü daha yüksekti (p<0,05).
Çalışmaya alınan örneklerin %98,8 i (n=6326) nazofarengeal swap örnekleriydi. Semptom varlığı ile test sonuçları arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılık saptanmadı. Genel semptom varlığı ile fark olmasa da tek tek semptomlar ele alındığında öksürük, solunum sıkıntısı ve kırgınlık PCR pozitif olgularda PCR negatiflerden oransal olarak daha yüksekti (p<0,05). Test sonuçları ile hastanın ayaktan takip edilmesi veya hastaneye yatışı arasında anlamlı bir farklılık saptanmadı.

TARTIŞMA ve SONUÇ: COVID-19 enfeksiyonu asemptomatik vakalarla karmaşık bir durum olduğundan salgın potansiyelinin gerçekçi bir şekilde değerlendirilebilmesi için RT-PCR testi toplum taramalarında kullanılmalıdır. Kapalı ortamlarda bulunan kişiler ve özellikle 45-64 yaş grubunda kontrol mekanizmaları daha etkin yapılmalıdır.