AMAÇ: Bu çalışmada, piliç kesimhanelerinde yeni kesilmiş piliç karkaslarından alınan piliç boyun derileri ve bağırsak içeriği ile piliçlerin kesimhaneye getirildiği kümeslerden alınan yem ve su örneklerinde termofilik Campylobacter türlerini kültür tekniği ile belirlenmesi ve Campylobacter jejuni olarak saptanan suşların PCR tekniği ile doğrulanması amaçlanmıştır.
YÖNTEMLER: İki farklı piliç kesimhanesinden sıcak (Mayıs, Haziran, Temmuz, Ağustos) ve soğuk aylarda (Kasım, Aralık, Ocak, Şubat) 160 adet piliç boyun derisi, 160 adet bağırsak içeriği ile 32’şer adet yem ve su örneği olmak üzere toplam 384 örnek alınmıştır. Alınan tüm örneklerde, termofilik Campylobacter türlerinin izolasyon ve identifikasyonunda zenginleştirme işlemine dayalı ISO (The International Organization for Standardization, 10272) yöntemi kullanılmıştır. Suşlar ceuE geni ile doğrulanmıştır.
BULGULAR: Toplam 384 örneğin 248 (% 64.58)’inin termofilik Campylobacter türleri ile kontamine olduğu saptanmıştır. 160 boyun derisi örneğinin 138 (% 86.25)’i, 160 bağırsak içeriği örneğinin 106 (% 66.25)’sı ve 32 su örneğinin dördünde (% 12.5) termofilik Campylobacter türleri saptanmıştır. Yemlerden yapılan analizlerde ise her hangi bir etken bulunamamıştır. Campylobacter türleri saptanan 138 boyun derisi örneğinden 82 (% 51.25)’sinin, 106 bağırsak içeriği örneğinden 122 (% 76.25)’sinin ve dört kümes suluk örneğinden üçünün C. jejuni olduğu belirlenmiştir. Suluklardan saptanan tüm etkenler kase tipi olanlardan izole edilmiş olup damla tipi olanlardan alınan örneklerin hiçbirinde Campylobacter türü belirlenememiştir. Her iki işletmeden alınan 80’er boyun ve bağırsak içeriği ile 16’şar su ve yem örneği olmak üzere toplam 192’şer örneğin sıcak aylarda 116 (% 60.42)’sında soğuk aylarda ise 91 (% 47.40)’inde C. jejuni saptanmıştır. Sıcak aylarda alınan örneklerdeki kontaminasyon oranı soğuk aylara oranla % 14.20 daha yüksek bulunmuş ve aradaki farkın istatistiksel olarak önemli olduğu (p=0.0021) belirlenmiştir. Klasik kültür yöntemleriyle tanımlanan 207 C. jejuni suşu, 171 (% 82.00)’i PCR tekniği ile de doğrulanmıştır. Toplam 384 örnekten 1220 adet termofilik Campylobacter suşu izole edilmiş ve bunların ISO yöntemine göre yapılan tanımlama testleri sonucunda 649’unun C. jejuni, 515’inin C. coli, 56’sının C. lari olduğu saptanmıştır.
SONUÇ: Piliç kümeslerinden kesimhaneye getirilen piliçlerin, kesim işlemine bağlı olarak C. jejuni ile kontamine olduğu ve izolasyon ve tanımlamada ceuE ile yapılan doğrulamanın uygun olduğu düşünülmektedir. Elde edilen verilerin ışığında Campylobacter jejuni’nin kanatlı etlerinde bulunduğu ve bunun halk sağlığı yönünden önem gösterdiği düşünülmektedir

OBJECTIVE: This study was designed to determine the presence of thermophilic Campylobacter spp. using the conventional cultural technique from neck skin, intestinal contents of slaughtered chickens, and water, feed samples of same flock taken at the farm level. C. jejuni strains obtained using conventional cultural techniques were confirmed using the PCR technique.
METHODS: 384 samples consisting of 160 chicken neck skin, 160 intestinal content, 32 feed, and 32 water samples were obtained from two different slaughterhouses in hot (May, June, July, August) and cold months (November, December, January, February). The enrichment based ISO (The International Organization for Standardization, 10272) method was used for the isolation and identification of thermophilic Campylobacter spp. in all samples. Strains were verified by ceuE gene.
RESULTS: 248 (64.58%) of the 384 samples were found to be contaminated with thermophilic Campylobacter species. 138 (86.25%) of the 160 chicken neck skin, 106 (66.25%) of the intestinal content and 4 (12.5%) of the 32 water samples were contaminated with thermophilic Campylobacter species. Nothing was found in the analysis of feed. C. jejuni was the species of Campylobacter determined in 82 (51.25%) of the 138 neck skin samples, 122 (76.25%) of the 106 intestinal contents samples and three of the four sets of drinker samples. All the factors identified in the drinkers were isolated from bowl type ones and Campylobacter species could not be determined in none of the samples of nipple type watering system. C. jejuni was determined in 116 (% 60.42) of the samples in hot months and 91(% 47.40) in cold months of the 192 samples in total taken from each farm, 80 intestinal content, 80 neck, 16 water and 16 feed samples). Contamination rate for the samples taken in warmer months was 14.20% higher than in colder months and the difference was statistically significant (p = 0.0021). 171 (82.00%) of the 207 C. jejuni strains defined by classical culture methods were also confirmed with PCR technique. 1220 thermophilic Campylobacter strains isolated from 384 samples in total and they were identified in 649 as C. jejuni, 515 as C. coli and 56 as C. lari according to ISO methods.
CONCLUSION: It was determined that C.jejuni contamination of chicken flocks in slaughter houses occurs during the processing. ceuE gene is found to be a good primer for confirmation of the presence of thermophilic Campylobacter spp. in the strains. Data acquired from this study underlines that Campylobacter jejuni found in poultry meat is an important public health hazard.

AMAÇ: Bu çalışmada, sentetik piretroid insektisit tetramethrinin, albino fareler (Mus musculus)’de, serum proteinleri üzerine etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEMLER: 4-8 haftalık farelere tetramethrinin subletal dozları (250 ve 500 mg/kg/gün), 13 hafta süreyle ağız yoluyla verilmiştir. Deney sonunda, farelerin kalplerinden alınan kan örnekleri Durheim tüplerine konarak, 20-25 oC’de 45 dakika pıhtılaştırılmaya bırakıldıktan sonra, soğutmalı santrifüjde (+4 oC), 7000-7500 rpm’de, 15 dakika santrifüj edilmiştir. Elde edilen serum örneklerinde selüloz asetat elektroforez yöntemiyle, serum proteinlerinin analizi yapılmıştır.
BULGULAR: Çalışma sonunda, uygulama gruplarının sonuçları, kontrol grubuyla karşılaştırıldığında; albumin, α-globulin ve β-globulin miktarlarında meydana gelen değişikliğin istatiksel açıdan önemsiz, buna karşın her iki grupta da γ-globulin miktarında, kontrol grubuna göre meydana gelen azalmanın istatiksel açıdan önemli olduğu bulunmuştur.
SONUÇ: Tetramethrinin, farelerde γ-globulin miktarında azalmaya neden olduğu görülmüştür. γ-globulin miktarındaki bu değişikliğin, söz konusu insektisitin canlı vücudunda humoral bağışıklığı olumsuz yönde etkilemesi bakımından önemli olduğu düşünülmektedir.
* Bu çalışma bilim uzmanlığı tezinin bir bölümüdür

OBJECTIVE: In this study, it was aimed to detect the effects of the synthetic pyrethroid insecticide tetramethrin on the serum proteins of albino mice (Mus musculus).
METHODS: The sublethal dosages (250 ve 500 mg/kg/day) of the tetramethrin was given to the 4-8-weeks mice by orally during 13 weeks. At the end of the study, blood was collected by the heart puncture and put into Durheim tubes and then left to coagulation at 20-25oC. Tubes were centrifuged (+4 oC) at 7000-7500 rpm for 15 minutes. Apprroximately 20-30 μl serum was collected. The analysis of the serum proteins was established by cellulose acetate electrophoresis assay.
RESULTS: At the end of the study, when the results of sublethal dosages of tetramethrin were compared with the results of the control group, the alteration of the amounts of albumin, α-globulin and, β-globulin was not statistically significant, but on the other hand, the decrease of the amount of γ-globulin in test group was statistically significant in compare with the control group.
CONCLUSION: It was found that tetramethrin causes a decrease on the amount of γ-globulin in mice. It was thought that the alteration of γ-globulin caused by this insecticide is spesifically critical impact upon humoral immunity.

AMAÇ: Demodex sp., insanların özellikle yüz bölgesinde yaygın olarak bulunan, erişkini solucana veya puroya benzeyen patojenik mekanizması tam olarak bilinmeyen insanın kalıcı ektoparazitidir. Çalışmamız, bir lisede öğrenim gören yabancı uyruklu erkek öğrencilerde Demodex sp. yaygınlığını araştırmak amacıyla yapılmıştır.
YÖNTEMLER: Çalışma, Kayseri Germirli Anadolu İmam-Hatip Lisesi’nde öğrenim gören yabancı uyruklu erkek öğrenciler üzerinde yürütülmüştür. Çalışma öncesi parazit ve yöntem hakkında her bir öğrenciye bilgi verilmiştir. Bilgilendirme sonrası, öğrencilerin yüzlerinden; özellikle burun kökü, çene altı ve alın bölgesinden selofan-bant yöntemi ile alınan örneklerin mikroskobik incelemesi yapılmıştır. Verilerin istatistiksel analizi için Pearson ki-kare testi kullanılmış ve p < 0.05 değerleri anlamlı kabul edilmiştir.
BULGULAR: Çalışmaya alınan öğrenciler uyruklarına göre Arnavutluk, Gana, Gürcistan, Kamerun ve Kırgızistan’dan gelenlerde parazit saptanmış diğerlerinde ise bulunamamıştır. Yaşları 15 ile 21 (yaş ortalaması: 17.52±1.36) arasında değişen, 347 erkek öğrenci incelenmiştir ve 9 (%2.7)’unda Demodex sp. saptanmıştır.19 yaş ve üzeri öğrencilerde parazit görülme oranı 18 yaş altı öğrencilere göre daha yüksek bulunmakla birlikte, yaş ile parazit görülmesi arasında farkın istatistiksel olarak anlamlı olmadığı saptanmıştır (p>0,05).
SONUÇ: İnsandan insana yakın temas ile bulaşan bu parazit sağlıklı bireylerde de bulunabilmektedir.

AMAÇ: Ki-67, tümör içerisindeki prolifere hücreleri gösterebilen bir antikordur. Ki-67 fraksiyonunun daha yüksek olduğu tümörler, daha agresif seyretme eğilimindedirler ve bu vakalarda vasküler invazyona, kötü proliferasyona ve metastaza daha sık rastlanır. Bu çalışmada kolorektal ve mesane karsinomlarında proliferasyon belirteci olarak kullanılan Ki-67’nin seröz ve müsinöz over kanserlerinde tümör proliferatif indeksi olarak kullanılabilirliği ve prognoza etkisinin incelenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEMLER: Bu çalışmada, 1996-2000 yılları arasında, yaşları 17-82 arasında, jinekolojik onkoloji kliniğinde opere edilen, patolojik olarak seröz veya müsinöz over karsinomu tanısı alan 51 olgu değerlendirilmiştir. Patolojideki materyaller rutin doku takip işlemlerinden geçirildikten sonra hazırlanan parafin bloklardan 5 mm’lik kesitler yapılmış ve hematoksilen eozinle (HE) boyanarak değerlendirilmiştir. Operasyon sonrası alınan tümör örneklerinin rutin patolojik işlemlerden sonra streptoavidin-biotin ortamında primer antikorlar ile Ki-67 immünreaktivitesi değerlendirilmiştir.
BULGULAR: Patolojik olarak seröz over karsinomu tanısı alan 29 olgu ve müsinöz over karsinomu tanısı alan 22 olgu, stage, grade ve lenf nodu tutulumu açısından değerlendirilmiştir. Seröz tümörlerin % 48’i (n=14) Ki67 pozitif saptanırken, müsinöz tümörlerde % 68 (n=15) Ki 67 pozitifliği saptanmıştır. Seröz tümörlerde Ki-67 indeksi 13,05; müsinöz tümörlerde ise 22,2 olarak tespit edilmiştir (p=0,072). Tümörün histolojik tipi ile Ki-67 indeksleri arasında korelasyon saptanamamıştır. Ki-67 immünoreaktivitesi ile seröz ve müsinöz over karsinomları arasında stage, grade ve lenf nodu tutulumu ilişkisi araştırılmıştır. Stage artışına paralel olarak Ki-67 reaktivitesi artarken (p<0.001); lenf nodu tutulumu, grade ve tümörün histolojik tipi ile korelasyon saptanamamıştır (p>0.05).
SONUÇ: Seröz ve müsinöz karsinomların stage’i artıkça Ki-67 immünreaktivitesi ve proliferatif indekslerinin arttığı bulunmuştur. Buna karşın grade, lenf nodu tutulumu ve histolojik tümör tipi ile Ki-67 reaktivitesi arasında bağlantı saptanmamıştır. Bu bulgular eşliğinde seröz ve müsinöz over kanserlerinde proliferasyon markeri olarak Ki-67 ekspresyonu kullanımının duyarlı bir yöntem olmadığı sonucuna varılmıştır. Seröz ve müsinöz over kanserlerinde proliferasyon markeri olarak Ki-67 kullanımı uygun görülmemekle beraber daha geniş sayıda randomize çalışmaya gerek bulunmaktadır.

OBJECTIVE: Ki 67 is a antibody which could be showed proliferation in the cells. High Kİ 67 expression of some tumors
have been more aggressive clinical progression, poor prognosis, more vascular invasion and more metastasis than Ki 67
negative tumors. In this study, it was aimed to determine the possibility of using Ki-67, which shows proliferation in serous
and mucinous ovarian tumors, as a tumor proliferation index and effect on prognosis.
METHODS: The correlation between Ki-67 and primary antibodies was examined in 51 cases, ages 17-82, which were in the
period 1996-2000 pathologically diagnosed, by the routine processes of the pathological preparates in streptoavidin-biotin
environment, to have serous and mucinous ovarian carcinomas. Pathologic determination was made Hematoxlene Eosine
painting after the routine preparing.
RESULTS: It were diagnosed as serous(n=29) and musinous(n=22) which was determined according to stage, grade and
lymph node involment. Ki 67 seropositivity was estabilished in 48 % (n=14) of serous and 68 % (n=15) of musinous tumors.
Ki 67 indexes were found 13,05 in serous and 22,2 in musinous ovarian tumors(p=0,072). There was no correlation between
tumour histology and Ki 67 indexes. Correlations between immunoreactivity of Ki-67 and the stage, grade and lymph node
metastasis in serous and mucinous ovarian carcinoma were determined. Ki-67 indexes were increased as tumor stage was
increased (p<0.001). However, no correlation was found between Ki-67 immunoreactivity, tumor grade and lymph node
involvement (p>0.05).
CONCLUSION: It was determined that as the stage of the serous and mucinous ovarian carcinomas are increased, Ki-
67 immunoreactivity and proliferation index are also increased. On the other hand, grade, lymph node involvement and
histological tumor type were not correlated with Ki-67 reactivity. As a result, Ki-67 can not be used as a sensitive tumor
proliferation index in serous and mucinous ovarian carcinomas. It isn’t found suitable that Ki 67 as proliferation marker in
ovarian serous and musinous tumors but It needs to more widely randomized study about this issue.

Genomik, herhangi bir organizmanın yapısal ve işlevsel fonksiyonlarını kodlayan tüm genlerini tanımlar, bu genlerin birbirleri ve çevre ile etkileşiminin kontrolünü inceler. Çalışma alanlarına göre genomik yapısal ve fonksiyonel genomik olmak üzere iki gruba ayrılmaktadır.Yapısal genomik ise genetik ve fiziksel haritalama ve DNA baz dizilerinin belirlenmesi yöntemleriyle organizmaların genetik bilgilerinin ortaya çıkarılmasını sağlar. Fonksiyonel genomiğin amacı da genlerin ekspresyonunu biçim, miktar ve zaman açısından genom düzeyinde inceleyerek genlerin fonksiyonlarının öğrenilmesinin yanında organizma açısından öneminin anlaşılmasına da yardımcı olmaktadır. Proteom; belli bir zaman ve mekânda bir organizmanın sahip olduğu ve ifade ettiği tüm farklı proteinlerin bir toplamıdır. Proteomik; belli bir zamanda belli bir yerde bulunan tüm proteinlerin yapılarını, yerleşimlerini, miktarlarını, translasyon sonrası modifikasyonlarını, doku ve hücrelerdeki işlevlerini, diğer proteinlerle ve makro moleküllerle olan etkileşimini aydınlatır. Metabolomik; belirli bir zaman diliminde dokularda, hücrelerde ve fizyolojik sıvılarda lipid, karbohidratlar, vitaminler, hormonlar ve diğer hücre bileşenlerinden ortaya çıkan küçük moleküllü metabolitlerin yüksek verimli teknolojiler kullanılarak saptanması, miktarının belirlenmesi ve tanımlanmasıdır. Genomik ve proteomik “ne olabileceğinin” metabolomik ise “gerçekte ne olduğunun” bilgisini verir. Bu nedenle, tüm metabolitlerin ayrıntılı ve kantitatif ölçümü (metabolomik) hastalık teşhisi veya toksik ajanların fenotip üzerindeki etkilerini araştırmada en ideal yöntemdir. Bu derlemede genomik, proteomik ve metabolomik konularında da detaylıca bilgiler verilmiştir. Ayrıca, insan genomunun şifresinin çözülmesi; yani DNA bazlarının diziliş sırasının belirlenmesi, doğuştan var olan yeteneklerimiz ile bazı davranış ve hastalıklara yatkınlığımızın bilinmesinin sağlamasına yardımcı olan ‘İnsan Genom Projesi’ ve ‘İnsan Metabolom Projesi’ hakkında da geniş bilgi verilmiştir

The genomics determines the whole functional and structural genes of an organism, investigates the control of gene interactions with each other and the environmental factors.Genomics is divided into two groups as functional and structural genomics. Structural genomics provides to reveal the genetic information of organisms by genetic and physical mapping and DNA base sequencing methods. The aim of functional genomics is to facilitate to understand the gene functions in terms of organisms by analyzing the gene expression, in terms of conformation, concentration and time on genome level. The proteome is the entire complement of total proteins including produced and expressed proteins by an organism in a particular time and place. The proteomics enlightens the structures, localizations, concentrations, post-translational modifications, cell and tissue functions and the interactions with the other proteins and macro molecules of all the proteins in a particular time and a place. The metabolomic is to determine the concentration of the small-molecule metabolites of lipids, carbohydrates, vitamins, hormones and other cell components in cells, tissues and physiological liquids by using high efficient technology in a particular time. Genomics and proteomics give information about ‘what is happening’ while metabolomics investigates ‘what really happens’. Therefore, metabolomics is the best method for investigation of quantitative easurement, illness diagnosis or the effects of toxic agents on phenotype. Detailed information about proteomics and metabolomics is given in this review. Also, extensive information is given on The Human Genome Project and The Human Metabolom Project which help to reveal illness predispose and behaviours, our natural gifts, human genome decoding (determination of DNA base sequence).

Dünya Sağlık Örgütünün verilerine göre tüm dünyada yılda 3 milyona yakın pestisit zehirlenmesi meydana gelmekte, bunların 220.000’i ölümle sonuçlanmaktadır. Son yıllarda sıklıkla kullanılan pestisitlerden olan organofosfatlar, asetilkolinesteraz enzimini baskılayarak nörotoksisiteye yol açarlar. Serum paraoksonaz 1 (PON1) serumda HDL’ye bağlı olarak bulunan ve organofosfatların aktif formu olan oksonların hidroliz reaksiyonunu katalizleyerek parçalanmalarını sağlayan bir enzimdir. Her ne kadar paraoksonu hidrolizleyen enzim olarak tanınsa da, PON1’in paraoksonaz aktivitesi biraz zayıftır. Son yıllarda yapılan çalışmalarda saflaştırılmış PON1 enjeksiyonunun klorprifos ve diazinona karşı koruma sağladığı, ancak paration maruziyetine karşı etkili olmadığı görülmüştür. PON1’in organofosfat maruziyetine karşı koruyucu olarak kullanılabilmesi için enzimin katalitik verimi arttırılmalı ve yeterli miktarda elde edilebilmelidir. Son yıllarda protein mühendisliği yöntemleri kullanılarak PON1’in bazı amino asitlerinde değişiklikler yapılmış, bu PON1 varyantları bakteriyel sistemlerde yeterli seviyelerde ifade edilmiş ve bazı organofosfatlara karşı enzim aktivitesinde artışlar sağlanmıştır. Bu derlemede, PON1’in organofosfat metabolizmasındaki rolüne ve organofosfat zehirlenmelerinde antidot olarak kullanılabilmesi için PON1’in geliştirilmesine yönelik araştırmalardaki son gelişmelere değinilmiştir.

According to data from the World Health Organization, nearly 3 million pesticide poisonings occur per year worldwide; 220,000 of these poisonings result in death.
Organophosphates, one of the most frequently used pesticides in recent years, lead to neurotoxicity by suppressing the enzyme acetylcholinesterase. Serum paraoxonase 1 (PON1) is an enzyme that is associated with HDL in serum and provides the breakdown of active forms of organophosphates, oxons, by catalysing their hydrolysis reaction. Although recognized as the enzyme that hydrolyzes paraoxon, paraoxonase activity of PON1 is a bit weak. In studies carried out in recent years, it was observed that injection of purified PON1 protects against chlorpyrifos and diazinon but was not effective against parathion exposure. In order to be used as a prophylactic agent against organophosphate exposure, PON1’s catalytic efficiency has to be increased and the enzyme has to be obtained in adequate amounts. In recent years, using protein engineering methods, changes were made to some amino acids of PON1, these PON1 variants were expressed in bacterial systems at sufficient levels and increase in enzyme activity against some organophosphates were obtained. In this review, the role of PON1 in organophosphate metabolism and recent advances in the research intended for improving PON1 so that it can be used as an antidote in organophosphate poisonings have been mentioned.